Danau pertama, Tiwu Ata Mbupu (danau Anak Muda), dianggap sebagai tempat istirahat untuk jiwa-jiwa muda.
Danau kedua, Tiwu Nuwa Muri Koo Fai (danau Anak Perempuan), adalah tempat jiwa-jiwa perempuan muda beristirahat.
Danau ketiga, Tiwu Ata Polo (danau Penjahat), adalah tempat bagi jiwa-jiwa penjahat. Legenda ini memberi tambahan dimensi mistis bagi Danau Kelimutu.
Selain keunikan danau tiga warna ini, Kelimutu juga menawarkan pemandangan alam yang indah.